Η ενδικοφανής προσφυγή που συναντάται σε ένα μεγάλο εύρος διοικητικών διαφορών , ως απαραίτητη διαδικαστική προϋπόθεση την οποία πρέπει να τηρήσει ο διοικούμενος που αμφισβητεί το ορθόν μιας διοικητικής πράξης ή μιας σιωπηρής άρνησης της Διοίκησης , προτού την προσβάλει ενώπιον των αρμόδιων Διοικητικών Δικαστηρίων, δεν προβλεπόταν μέχρι προσφάτως στις φορολογικές διαφορές .
Η ενδικοφανής προσφυγή πρωτοεισήχθη στον χώρο του φορολογικού δικαίου το 2012 στα πλαίσια του αρ. 70Α του προϊσχύσαντος Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος. Τότε η ενδικοφανής προσφυγή αφορούσε συγκεκριμένες φορολογικές διαφορές , όπου η αμφισβητούμενη διαφορά υπερέβαινε το ποσό των 300.000 € και αρμόδιος φορέας για την εξέταση της ήταν η Επιτροπή Διοικητικής Επίλυσης Φορολογικών Διαφορών, που είχε συσταθεί ως υπομονάδα της γενικής Διεύθυνσης Φορολογικών Ελέγχων και Είσπραξης Δημοσίων Εσόδων του Υπουργείου Οικονομικών.
Πλέον και υπό το καθεστώς του Κώδικα Φορολογικής Διαδικασίας ( Ν. 4174/2013) και συγκεκριμένα στο αρ. 63 αυτού, προβλέπεται υποχρεωτικώς η άσκηση ενδικοφανούς προσφυγής από τον φορολογούμενο που αμφισβητεί την οποιαδήποτε πράξη ή παράλειψη της φορολογικής διοίκησης , ανεξαρτήτως του ύψους του ποσού . Η ενδικοφανής προσφυγή έχει ως αίτημα την επανεξέταση της αμφισβητούμενης πράξης και πρέπει να ασκηθεί εντός τριάντα ημερών από την κοινοποίηση της αμφισβητούμενης πράξης σε αυτόν ή από τη συντέλεση της παράλειψης.
Να σημειωθεί ότι η άσκηση της ενδικοφανούς προσφυγής γίνεται επί ποινή απαραδέκτου, δηλαδή εάν δεν προηγηθεί , η ασκηθείσα προσφυγή ενώπιον των Διοικητικών δικαστηρίων απορρίπτεται ως απαράδεκτη.
Αρμόδια αρχή για την εξέταση της ενδικοφανούς προσφυγής έχει καταστεί πλέον η Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών , η οποία οφείλει να να εκδώσει απόφαση επί της προσφυγής εντός εξήντα ημερών . Σε περίπτωση που παρέλθει το παραπάνω διάστημα , θεωρείται ότι έχει επέλθει σιωπηρή απόρριψη της προσφυγής. Σε κάθε περίπτωση μετά την πάροδο των εξήντα ημερών και εάν η ενδικοφανής προσφυγή δεν έχει γίνει δεκτή από την Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών, ο φορολογούμενος μπορεί να προσφύγει στα αρμόδια Δικαστήρια.